2 、土壤有机质含量降低。农田长期不施用农家肥 ，秸秆还田很少进行，中国传统农业精髓的种植绿肥也不搞了，土壤有机质长期得不到补充。再加上化学氮肥超量施用，加剧了土壤碳的耗竭 。致土壤有机质含量严重不足。土壤有机质减少会引发一系列土壤问题，土壤酸化和次生盐碱化，土壤结构破坏 ，土壤肥力低下 ，土传病害加剧等。
3、土壤结构破坏、板结严重。由于土壤缺乏有机肥补充，以及不合理的耕作和不合理的灌溉 ，化肥的大量施用 ，加剧了土壤团粒结构的破坏，致使土壤板结越来越严重，直接影响到土壤的自然活力和自我调节能力。
4、土壤趋于酸化 。土壤酸化主要是由于过量使用化学氮肥和生理酸性肥料 ，导致土壤中酸性物质增加 ，使土壤酸化。土壤酸化会引起土壤养分流失，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，加速土壤贫瘠化和土传病害发生 。
5 、土壤次生盐碱化。由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分聚集到地表 ，形成土壤表层次生盐碱化，轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良 ，重则造成生理干旱，营养吸收障碍，土壤结构破坏，再甚者可导致盐害 、死亡，永久失去农业利用价值 。
6 、土壤氮磷钾元素营养比例失调，中、微量元素严重缺乏。在日常管理中绝大多数农民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥 ，致钾素匮乏，长期不施中微量元素肥料 ，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素之间的营养比例失调。
7、农田土壤污染。过量使用化肥 、农药 、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染 ，以及连作和病虫害病原物污染 。这些污染物长期进入或残留土壤之中，一旦超出土壤自净化能力后就会“溢出” ，直接造成农田土壤的污染。大量的污染物进入土壤后，首先会破坏土壤生态平衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物种群减少 ，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降、土壤功能变差，严重污染者会使土壤丧失生产能力 ，失去农业利用价值 。
8、农作物连作造成的“土壤病”。在土壤中连续种植一种或同科作物，由于该作物所需要的中微量营养元素因连续被吸收而缺乏，也使相应的某些病菌得以连年繁殖，在土壤中大量积累 ，还有前茬作物根系的分泌物因累积成为有毒物质而形成病土。
9、土壤侵蚀 。耕地土壤侵蚀主要表现有；水蚀、风蚀和耕蚀。主要是农民垦殖过度，很多山坡被垦做农田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年复一年的耕作，水土流失极为严重。其次是开垦后没有实施保护性耕作，如坡改梯 ，水平沟耕作，植物篱保护等，而是随意挖地耕翻 ，既造成耕蚀 ，又加剧了风蚀 、水蚀。长期流失, 必然导致土壤过沙, 保水保肥能力降低 。
10 、设施农业土壤综合障碍病 。设施栽培是在全年封闭或季节封闭环境下 ，由于高度集约化、高复种指数、高肥料投入 、高农药用量、高强度高频度人为干扰 ，过量施肥，土壤长期处于高温高湿状态，过量灌水，过度耕作与践踏，在如此强烈的干扰和巨大压力下，土壤健康急剧恶化。一般种植2-3年，就出现了土壤营养失衡 、土壤酸化、土壤次生盐碱化、土壤有害物质积累、土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病害。
